تم إنشاء مبنى فرع الوزارة بمنطقة الحدود الشمالية مطلع عام 1425 هـ في مدينة عرعر وتضم إلى جانبها محافظة رفحا ومحافظة طريف ومحافظة العويقيلة وبعض الهجر والقرى التابعة لها , ويتكون هيكلها الإداري والتنظيمي من فضيلة مساعد المدير العام الشيخ سعد بن شايم الحضيري , ومركز الدعوة والإرشاد بالمنطقة والذي يتبع له عدة مكاتب تعاونية في مدينة عرعر وبقية المحافظات , كما يضم الفرع إدارة المساجد , وإدارة الأوقاف , وإدارة المشروعات والصيانة , وإدارة الموارد البشرية , وإدارة التخطيط والتطوير , وإدارة العلاقات العامة , وإدارة المتابعة .